清口原为泗水入淮口，故称泗口。公元1128年，时值南宋（建炎二年）黄河夺汴、泗和淮河下游河道入海。清口成为黄、淮、运河交汇之地，含有大量泥沙的黄河水给运河带来极大威胁。为保漕济运，清口区域展开了持续数百年的水利工程体系建设，这就是中国大运河“清口枢纽工程”。

清口枢纽体现了“束水攻沙、蓄清刷黄、济运保漕”的工程意图，经历数百年沧海桑田，汇聚数代人智慧而成，成为一个区域庞大的系统工程，持续维护运行了4个多世纪。

2014年，清口枢纽作为大运河淮安段重要文化遗产列入世界文化遗产保护名录，申报核心遗产区面积3967公顷，缓冲区面积6275公顷。清口枢纽遗址大部分位于淮安市淮阴区马头镇境内，分布在以淮阴区马头镇为核心区域的近50平方公里范围内，构成要素包括河流、堤坝、涵闸等，包括核心区的三闸遗址等众多遗址，总体布局仍然基本维持历史原貌。